Kota Yogyakarta mempunyai luas wilayah 32,5 km2 atau 1,02% dari luas wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Jarak terjauh dari utara ke selatan adalah sekitar 7,5 km dan dari barat ke timur kurang lebih 5,6 km. Kota Yogyakarta  Kota Yogyakarta terletak di dataran lereng aliran Gunung Merapi dan memiliki kemiringan lahan yang relatif datar (antara 0-2%). Sebagian wilayah dengan luas 1.657 hektar terletak pada ketinggian kurang dari 100 meter dan sisanya (1.593 hektar) berada pada ketinggian 100-900 mdpl.

Wilayah Kota Yogyakarta terletak di tengah- tengah Provinsi DIY, terbagi menjadi 14 Kecamatan, 45 Kelurahan, 617 RW, dan 2.531 RT, serta dihuni oleh 412.704 jiwa (Kota Yogyakarta Dalam Angka, 2016). Terdapat tiga sungai yang mengalir  dari arah utara ke selatan, yaitu: Sungai Gajah Wong yang mengalir di bagian timur , Sungai Code di bagian tengah, dan Sungai Winogo di bagian barat. Batas- batas  wilayah Kota Yogyakarta adalah sebagai berikut:

Sebelah utara Kabupaten Sleman

Timur : Kabupaten Sleman dan Kabupaten Bantul

Selatan : Kabupaten Bantul

Barat : Kabupaten Sleman dan Bantul